El liceo como institución educacional comenzó a funcionar el año 1975, con dos primeros años medios y Anexo al Liceo Experimental de Concepción, hoy Liceo A-39.

Por resolución N° 18290 del 01 de Septiembre de 1975 del Ministerio de Educación es creado como Liceo autónomo bajo la denominación de Liceo de Hombres de Hualqui. El 01 de Septiembre de 1978, por Decreto N° 1050 pasa a denominarse Liceo C-41 y a contar del 01 de Noviembre de 1989, por Resolución Exenta N° 001205 se le reconoce con el nombre de "San Juan Bautista de Hualqui.", en homenaje al nombre natural del pueblo.

Sus funciones comenzaron en un edificio antiguo ubicado en calle Errázuriz N° 510 y en Mayo de 1982 se traslada a los actuales Pabellones "A" y "B", local construido por la Sociedad Constructora de Establecimientos Educacionales en un terreno cedido por la I. Municipalidad de Hualqui.

Actualmente nuestro establecimiento cuenta con una superficie construida de 3002,24 m2, en los cuales se encuentran 20 Aulas, 2 Multitalleres, Laboratorio de Computación, Laboratorio de Ciencias, Taller opción 4(Laboral), Sala Educación Especial, Sala de Profesores, Biblioteca, Cocina, Comedor y dependencias dministrativas y técnicas.

El año 2001 se incorpora a la JEC (Jornada Escolar Completa), se constituye el actual edificio de 3 pisos, ampliando la cantidad de cursos. En el año 1999 el director actual toma el amndo del colegio. Fue durante su gestión, que el liceo ingresó a la JEC. Durente la existencia del liceo, se elaboraron normas de funcionamiento y convivencia, las que se mantienen hasta hoy. Tienen participación todos los actores del establecimiento.